درک روش پژوهش در بافت‌های گوناگون وابسته به آگاهی و فهم سه مفهوم هستی‌شناسی، معرفت‌شناسی، و روش‌شناسی است، که در یک توالی سلسله‌مراتبی تعریف می‌شوند.
فارغ از رویکردهای گوناگون روش پژوهش، یعنی کمی، کیفی، یا ترکیبی، درک این مفاهیم می‌تواند منجر به یادگیری بهتر روش پژوهش شود. ایده‌های گوناگون درباره چیستی دانش و آگاهی، ارتباط ما با طبیعت و ماهیت چیزها، شیوه‌های تفکر در مورد آنها، و غیره، همه در این دامنه مورد بحث قرار می‌گیرند. اما هرکدام از این مفاهیم به چه معنا هستند؟
به نظر گری (2013، 16) هستی‌شناسی به معنای مطالعه «بودن» یا «هستی» است، یعنی ماهیت وجودی یک چیز. هستی‌شناسی به دنبال پاسخ‌گویی به «چیستی»هاست، در حالی که معرفت‌شناسی سعی دارد تا به «چگونگی شناخت» پاسخ می‌دهد. معرفت‌شناسی منجر به خلق یک زمینه فلسفی برای تصمیم‌گیری پیرامون آن‌که چه دانشی مشروع است می‌شود.
برایمن (2012، 16 ـ 18) از دو رویکرد هستی‌شناسی رایج نام می‌برد: «عینی‌گرایی» (Objectivism) و «سازه‌گرایی» یا «ذهن‌گرایی» (Constructionism).
عینی‌گرایی بر این عقیده است که پدیده‌های اجتماعی و معانی آنها خودشان دارای وجودی هستند که وابسته به کنش‌گرهای اجتماعی نیستند. واقعیت‌هایی (facts) هستند که دارای یک وجود مستقل هستند. در مقابل، سازه‌گرایی بر این عقیده استوار است که پدیده‌های اجتماعی در یک حالت تغییر دائمی هستند، چراکه آنها کاملاً وابسته به تعامل‌های اجتماعی هستند.
رویکرد عینی‌گرایی بر اهمیت ویژگی‌های رسمی سازمان‌ها و نظام‌های فرهنگی تأکید دارد، در حالی که سازه‌گرایی بیشتر بر شیوه‌ای تمرکز می‌کند که مردم خود ساختارهای واقعی را تشکیل می‌دهند، و این‌که این مسئله چگونه با خود پژوهشگر ارتباط دارد.
چه لزومی به مطالعه فلسفه‌ی علم در دوره‌ی دکتری هست؟ آیا نمی‌توان صرفا به کتاب‌های روش پژوهش که تعدادشان زیاد و مطالبشان هم مفصل است اکتفا کرد؟ اگر خواستیم مطالعه فلسفه علم را شروع کنیم با کدام کتاب شروع کنیم بهتر است؟
همان‌طور که از اسم دوره‌ی دکتری PhD برمی‌آید، سرنام واژه‌های لاتینی philosophiae doctor است که معنی آن در انگلیسی می‌شود Doctor of Philosophy یعنی دکتر در فلسفه. خوب حالا دکتر یعنی چه؟ دکتر در زبان لاتین معادل انگیسی teacher و در زبان انگلیسی میانه به معنی آدم دانشمند، دانا یا فاضل learned person آمده است. پس دکتری PhD که امروزه خیلی مرسوم شده و برخی از آدمها به صرف داشتن مدرک آن در میهمانیها و مجالس خودمانی و غیر خودمانی اظهار فضل می‌کنند به معنی آدمی است که در فلسفه‌ی یک امر تخصصی خبره است. فلسفه از ریشه یونانی philosophia معادل انگلیسی love of wisdom به معنی عاشق دانایی آمده است. این آدم باید به دنبال ریشه‌های پدیدار شناختی و هستی شناختی امور باشد و صرف پر کردن چند پرسشنامه و پیمایش و مصاحبه‌های عمیق و سطحی یا فرمول های ساده و پیچیده نمی‌تواند از او متخصصی فاضل بسازد. اخیرا آقای محمدپور، جامعه شناس مولف کتاب‌های«ضد روش»، «روش روش» و «فراروش»، مصاحبه‌ای کرده که خواندن آن از جهاتی سازنده است:
«پارادایم بالاترین سطح انتزاع نظری و تلقی در باب واقعیت یا پدیده است؛ هر پارادایمی باید دارای مواضع روششناختی خاص خود باشد. روش‌شناسی با تسخیر معرفت سروکار دارد. در مقابل، روش تکنیکیترین و واضحترین سطح برخورد با واقعیت است. بگذارید مثالی بزنم. پارادایم اثبات‌گرایی از نظر روششناختی متکی به کمیگرایی و منطق قیاسی ـ فرضیهای است و در سطح روش مثلاً روش‌های آزمایشی و پیمایشی را تجویز می‌کند. پارادایمهای دیگر نیز مانند تفسیرگرایی یا پستمدرنیسم و غیره به همین شیوه عمل می‌کنند».
درک رابطه‌ی بین پارادایم و روش که یکی در فضای فلسفی و دیگری در فضای تکنیکی قرار دارد بسیار مهم است و این میسر نمی‌شود مگر به مطالعه عمیق فلسفه‌ی علم و درک رابطه‌ی بین معرفت‌شناسی (Epistemology)، هستی‌شناسی (Ontology)، روش‌شناسی (Methodology) و روش (Method)؛ آن‌گونه که در بخش «بنیان‌های فلسفی پژوهش» توضیح داده شد.
در حالی که در رویکرد کمی پژوهشگر از دریچه اثبات‌گرایی و رئالیسم به پدیده‌ها، حوادث، و قواعد و قوانین نگاه می‌کرد، نگاه پژوهشگر کیفی یک نگاه ذهن‌گرایانه از رهیافت تفسیرگرایی است. بنابراین، پژوهشگر کیفی معتقد است که حقیقت مطلقی خارج از ذهن انسان و در جهان واقع وجود ندارد، از همین رو پدیده‌ها موجودیت‌های مستقلی نیستند که بتوان آنها را به طور مستقل مورد مطالعه قرار داد. هرچه هست در ذهن افراد است، و کار پژوهشگر کیفی استخراج این چیزها از ذهن است.
