پس از تعیین نوع داده‌ها و اطلاعات مورد نیاز، نوبت به تعیین ابزار و طراحی پروتکل پژوهش است. ابزار، وسیله‌ای را برای سنجش، مشاهده، و ثبت داده‌های عملکردی، نگرشی، رفتاری، و واقعی در اختیار پژوهشگر قرار می‌دهد. البته پژوهشگر باید پیش از گردآوری داده، ابزاری مناسب برای گردآوری داده موردنیازش انتخاب کند. 

در صورتی که این ابزار در نوشته‌های پیشین وجود دارد پژوهشگر می‌تواند با کسب اجازه از صاحب ابزار از آن به طور کامل یا با انجام تغییراتی استفاده کند. در غیر این صورت، پژوهشگر باید ابزار را طراحی کند. البته باید به موضوع‌ها و چالش‌های مربوط به طراحی ابزار هم توجه کند. برای آگاهی بیشتر می‌توان به بخش طراحی ابزار مراجعه کرد.

پروتکل پژوهش که بیشتر در پژوهش‌های کیفی بکار می‌رود به پژوهشگر کمک می‌کند تا اطلاعات گزارش شدۀ مشارکت‌کنندگان را سازماندهی کند. پروتکل‌ها دربرگیرندۀ فرایند ثبت اطلاعات هستند به گونه‌ای که پژوهشگر را از مشکلات بالقوۀ گردآوری داده و چالش‌های اخلاقی تأثیرگذار بر کیفیت داده آگاه می‌سازد. به عنوان نمونه، پروتکل مصاحبه می‌تواند راهنمای فرایند مصاحبه، پرسش‌ها، و فضایی برای یادداشت‌برداری را دربرگیرد و پروتکل مشاهده می‌تواند گاه‌شناسی رویدادها، تصویر افراد، تصویر یا نقشه‌ای از محیط، یا نقل قول کلمه به کلمه از افراد را دربرگیرد. به عنوان یک نمونه خاص‌تر، پروتکل مصاحبه در مورد عوامل موفقیت تأثیرگذار بر پایگاه‌های شبکۀ اجتماعی می‌تواند از سه بخش زیر تشکیل شود:

بخش نخست: ارائۀ توضیحاتی در رابطه با موضوع مصاحبه که هدف آن آماده ساختن مصاحبه‌شونده از نظر ذهنی و روحی برای مصاحبه است.

بخش دوم: پرسش از نقش و فعالیت‌های مشارکت‌کننده در شبکۀ اجتماعی و همچنین برداشت و تعریف وی از شبکه و کارکردهای آن که هدف آن مفهوم‌سازی پایگاه شبکۀ اجتماعی به طور کلی است.

بخش سوم: پرسش دربارۀ عوامل موفقیت که هدف آن استخراج عوامل مؤثر بر موفقیت پایگاه شبکۀ اجتماعی «انجمن» است.

نمونه‌ای از پروتکل مصاحبه (شکل)

“Sample Interview Protocol.”. 2012. In Planning, Conducting, and Evaluating Quantitative and Qualitative Research, Creswell, John W., 4th ed., P226. Boston: Pearson Education, Inc

در این نمونه اجزایی که ممکن است در یک پروتکل مصاحبه قرار گیرد مشخص شده است. هدف نمونه، بررسی واکنش دانشگاه نسبت به رویداد مرد مسلح بوده است.